So oder so solltest du vor jedem Update von Joomla oder einer Komponente ein Backup des ganzen Systems machen.
Zum Beispiel: Akeeba Backup
www.akeebabackup.com/
Aber auch andere Tools gibt es im joomla extensions directory für diesen Zweck.
Der CLM bietet darüber hinaus die Möglichkeit, in den Einstellungen festzulegen, ob die Datenbank (mitsamt der enthaltenen Daten) gelöscht werden soll, oder nicht. Bei einer Deinstallation mit folgender Neuinstallation will man natürlich die Daten behalten - was voreingestellt ist.
